Negi Springfield es un chico de 10 años. Sus estudios como Mago en Inglaterra terminan con la prueba decisiva que tiene que superar cada mago: a Negi se le encomienda una tarea extraña para un chico de 10 años, llevar el cargo de una clase habitada solo por chicas en Japón. Negi además tiene que mantener su secreto al margen de sus alumnas, ya que si no será suspendido.

Tras su llegada, Negi se ve rodeado por unas chicas alborotadas a su alrededor aunque una de ellas no le acepta, Asuna Kagurazaka, la cual sufre el primer tropiezo mágico de Negi. Todo esto desembocará en un pacto entre Asuna y Negi para ser compañeros y poder ayudarse mutuamente, pero ¿acaso Negi cuenta con que en su propia tutoría va a tener sus primeros enemigos magos?